De maneira geral, o tratamento cirúrgico da endometriose intestinal é reservado para casos em que há sinais ou sintomas de obstrução intestinal ou então quando a qualidade de vida da paciente está sendo muito prejudicada pela dor, mesmo com a interrupção do ciclo menstrual. 

Em situações mais graves, quando as dores menstruais são muito extensas prejudicando a qualidade de vida da paciente ou em caso de obstrução intestinal, é recomendada a cirurgia para reduzir a quantidade de tecido no intestino.

Em muitos casos é realizada uma cirurgia laparoscópica onde o médico retira a parte do intestino que está apresentando o problema e realiza uma anastomose, que consiste em religar as partes do intestino que não foram afetadas. Nessas situações, não é necessária a colocação de um estoma.

A técnica chamada shaving é recomendada para lesões superficiais, onde focos da endometriose são removidos, sem a necessidade de retirar parte do intestino.

Quando a lesão se apresenta mais profunda e com maior gravidade, pode ser necessária uma cirurgia clássica, através de um corte abdominal, onde o médico remove a espessura total da parede intestinal.

O tipo de procedimento é definido de acordo com a extensão da lesão, por isso mesmo, ao aparecerem os primeiro sintomas, procure seu médico, pois quanto antes diagnosticada a endometriose intestinal, menos riscos de complicações.